Protein Design 知识库 蛋白质设计 · 方法与实践

蛋白质设计知识库

收录蛋白质设计领域的基础原理、主流方法、常用工具与真实应用案例。 左侧为主题分类,点击即可进入对应文章。内容持续补充中。

站点初衷

愿我来世得菩提时,若诸有情,众病逼切,无救无归,无医无药,无亲无家, 贫穷多苦;我之名号,一经其耳,众病悉除,身心安乐, 家属资具,悉皆丰足,乃至证得无上菩提。

Medicine is for people, not for profit.
医药为人,非为利。以此站所录方法,愿助更多人远离病苦。

基础原理

蛋白质结构基础
一级到四级结构、折叠与稳定性
氨基酸与化学
20 种标准氨基酸的性质与侧链化学

设计方法

从头设计 (de novo)
从零设计全新蛋白质骨架与序列
RFdiffusion
基于扩散模型的蛋白质骨架生成
ProteinMPNN
骨架到序列的反向设计网络

工具软件

AlphaFold2 / 3
结构预测与复合物建模
PyMOL
结构可视化与作图

临床应用

抗体设计
CDR 优化与可开发性评估
替代支架 binder
纳米抗体 / DARPin / affibody 等
设计型疫苗免疫原
稳定化构象、纳米颗粒展示

文献解读

de novo 蛋白设计综述 (Nature 2026)
Baker 组状态盘点:已解决 / 开放问题