PyMOL
PyMOL 是最常用的分子可视化与作图软件，用于查看设计结构、检查界面、 制作发表级图片。
常用操作
- 载入：
load design.pdb - 显示卡通：
show cartoon - 上色链/二级结构：
color chainbow - 高亮界面残基：
select interface, resi 12+45+78
设计检查清单
- 与设计参考骨架叠合，看 RMSD 是否可接受。
- 检查核心是否致密、无空洞。
- 检查功能残基是否朝向正确、无空间冲突。
- 渲染一张清晰图用于报告 / 论文。
# 叠合并高亮差异
align design, reference
color red, design and not (reference around 1.0)
小技巧：用 set ray_trace_mode, 1 可画出 cartoon 加球面光，
出图更立体、更适合论文。