RFdiffusion

设计方法 · 更新于 2026-07-29

RFdiffusion 是 RoseTTAFold 的扩散生成扩展，能够「从噪声中」生成满足约束的 蛋白质骨架，是当代从头设计的核心工具之一。

核心思想

从一个随机噪声结构出发，通过训练好的去噪网络逐步还原出合理的蛋白质主链坐标。 在去噪过程中可注入条件约束（如对称群、结合口袋、指定 motif），从而定向生成结构。

常见模式

• 骨架生成：无模板产生全新折叠。
• Motif 脚手架：在已知功能片段周围补全稳定骨架。
• 对称设计：生成环、二十面体等对称复合物。
• 结合物设计：针对目标蛋白生成结合界面。

典型工作流

# 伪代码：生成骨架 → 设计序列 → 验证
rfdiffusion inference --preset scaffold --target motif.pdb
proteinmpnn design --pdb generated.pdb --num_seqs 8
colabfold predict designed.fasta   # 验证可折叠性

注意：扩散生成偏重「主链几何」，序列仍要交给 ProteinMPNN 等网络设计， 并用结构预测交叉验证。