AlphaFold2 / 3

工具软件 · 更新于 2026-07-29

AlphaFold2 以氨基酸序列高精度预测单链三维结构，已成为结构生物学的标配。 在设计流程中，它主要承担「设计是否可折叠」的验证角色。

在设计中的角色

• 可折叠性过滤：设计序列预测结构应高度吻合设计骨架（RMSD 小、pLDDT 高）。
• novelty 检查：确认设计结构不同于已知天然折叠。
• 复合物建模：AlphaFold3 / ColabFold 可预测蛋白-蛋白、蛋白-配体相互作用。

快速使用（ColabFold）

# 本地运行 ColabFold
colabfold_batch queries.fasta output_dir/ \
  --num-recycle 6 --num-models 1

读结果要看什么

• pLDDT：单残基置信度，>70 较可信。
• pTM / ipTM：整体与复合物置信度。
• PAE：预测对齐误差，判断结构域相对取向是否确定。

注意：高 pLDDT 只说明「能折叠成某个结构」，不保证等于你的设计意图， 仍需与参考骨架叠合比较 RMSD。